miércoles, 28 de diciembre de 2016

Morir soñando

Morir soñando, sí, mas si se sueña 
morir, la muerte es sueño; una ventana 
hacia el vacío; no soñar; nirvana; 
del tiempo al fin la eternidad se adueña. 

Vivir el día de hoy bajo la enseña 
del ayer deshaciéndose en mañana; 
vivir encadenado a la desgana 
¿es acaso vivir? ¿y esto qué enseña? 

¿Soñar la muerte no es matar el sueño? 
¿Vivir el sueño no es matar la vida? 
¿A qué poner en ello tanto empeño?: 

¿aprender lo que al punto al fin se olvida 
escudriñando el implacable ceño 
-cielo desierto- del eterno Dueño?


Miguel de Unamuno

jueves, 22 de diciembre de 2016

Llega el frío invierno


Se acerca el final de otro año, 2016, del que ya hablaremos más adelante. Hoy he aprovechado para publicar una de las entradas que tenía pendientes, el microrrelato presentado a Universos Mínimos IX, el de este año. Concurso en el que, los que me seguís hace tiempo ya sabéis que me gusta participar anualmente. Una vez más, como es lógico, mi relato no ha sido seleccionado así que, una vez difundido el fallo del jurado os publico por aquí para que podáis "disfrutarlo" o lo que sea que hagáis los que aún entráis en esta mazmorra de incoherencias.
Tengo pendiente una entrada, que quiero que quede bien, y que será publicada con fecha anterior a la liberación de la misma, por razones que ya entenderéis en su momento.
Si, ya se que parece que solo hablo de entradas que vendrán, como otras muchas veces, pero es que cuando quiero ponerme a escribir nunca tengo tiempo y cuando tengo tiempo... la verdad es que no tengo ganas. Al final las cosas se van enquistando y... bueno, pasa lo que pasa.
Poco más puedo deciros hoy a parte de que llegó el invierno y, como buen cambio de estación, os dejo por aquí la, ya tradicional, canción de animación, Disney Fairies casi siempre, para ilustrarlo. Espero que no tardéis mucho en tener noticias otra vez. Tengo la sensación de que, la poca cordura que me quedaba, se va perdiendo cada vez que no escribo.

Sinuosa Musa

Sinuosa Musa


¿Cómo pueden las simples letras
alzarse en tormentosas olas?
¿Es factible
ver un patrón en el océano?
Reconocerlo
como tu barrio
de la infancia.
Recorrerlo entero,
sin bote, velero, ni lacha,
y sin caer rendido
en medio de su inmensidad.
Todo es posible,

con la musa adecuada.

viernes, 16 de diciembre de 2016

Hasta siempre Tío Antonio


Esta, nuestra especie, ha sufrido hoy una gran pérdida. Nos ha dejado Don Antonio Sierra Calvo, el hermano de mi abuela, y un gran referente para mi, tanto a nivel personal como académico. 
Salmantino de nacimiento, estudió medicina en nuestra pequeña ciudad, con el reto de que sus estudios le generasen el menor gasto posible a sus padres. Consiguió una ingente cantidad de matrículas de honor así como el Premio Extraordinario y la primera posición del primer MIR en Vigo. Desarrolló toda su actividad médica allí, donde atendió a más de 50000 pacientes.
Yo siempre le conocí como mi "Tío Antonio", una bellísima persona, que nunca dejó de interesarse por la ciencia, las maravillas de la vida y, en sus últimos años, por la física cuántica. Ójala algún día consiga parecerme mínimamente a él, de momento espero terminar una tesis de la que podría haberse sentido orgulloso.

Hasta siempre Tío Antonio.

sábado, 10 de diciembre de 2016

El viaje del DNA


Hoy me encontré con este vídeo en mi paseo habitual por las redes sociales. Ya sabéis que a veces os comparto algunos vídeos virales aunque no suelen ser santo de mi devoción. En este caso en concreto encuentro dos problemas importantes.
El primero es que el propio experimento que definen parte de un error de base. La práctica totalidad de los seres humanos de la tierra contienen DNA de todo el mundo. Es posible que en alguna tribu muy antigua y aislada de Africa se pudiera encontrar "DNA puro" pero la propia definición de "alemán", "americano" o "asíatico" es ridícula. Los seres humanos no vivirían en esas regiones si hace miles de años algún homo sapiens, de otro lugar del mundo no hubiera llegado allí.
El segundo es que se trata de un vídeo publicitario de una empresa de viajes. Muy lacrimógeno y bien montado pero un anuncio al fin y al cabo. De hecho tienen continuaciones en un canal de Youtube creado a tal efecto.
Una vez comentados los problemas quiero expresar por qué lo comparto por aquí. Creo que es una forma muy gráfica de demostrar precisamente el hecho descrito como primer problema. Que no existen razas puras. Que toda esa ridiculez de los "supremacistas blancos" no es más que la expresión más absoluta de la ignorancia social y humana. Y en una interpretación mucho más abierta, que las fronteras, países y demás tienen cada vez menos sentido ya que las diferencias culturales, que son lo que verdaderamente define a las naciones, son cada vez menores a la vez que aprendemos, como especie, a tolerarlas.
Son conceptos que cualquier persona con un poco de cultura y dedos frente entiende y asume hace ya bastante tiempo. Pero, por desgracia, la inmensa mayoría de nuestros congéneres no piensan igual, o directamente es que no piensan nada. Por ello creo que es bueno que algo como esto se viralice. De hecho creo que sería muy interesante que se hiciera en la realidad, que se le demostrara a la gente lo que dice su "historia genética" y entendiesen de una vez que no somos tan diferentes. Que aunque con todos los nucléotidos que separan a un ser humano de otro se podría escribir el genoma completo de una levadura, en realidad eso no representa más que una pequeña, ínfima fracción de las instrucciones necesarias para crear a cada uno de nosotros.

P.D.
Para comprobar esa "historia" no es necesario hacer una secuenciación del genoma completo como dicen en el libro y como piensa cualquier lego en la materia cuando oye las palabras "secuenciación de ADN". Sólo se miran algunas partes concretas y pequeñas del mismo. Estaría genial disponer de la información completa pero sería muy caro y, por tanto, inmanejable para un experimento social o una herramienta educativa.

sábado, 3 de diciembre de 2016

Lo que significa pintar nucleosomas


Hoy Facebook me trae un recuerdo de hace 4 años. No me gusta nada esa funcionalidad de la red social, no de dan cuenta de que es posible que haya cosas que la gente no quiera recordar o, simplemente, no es saludable estar todo el tiempo rememorando el pasado. Por ello no suelo recompartir ninguno de sus recuerdos. 
Se trata de el primer mapa de nucleosomas que di por pintado, de principio a fin, desde la nada, llevando a cabo todo el proceso con un sólo programa realizado por mí, portando código de otra persona escrito en varios lenguajes diferentes. La idea era poder llevar a cabo el proceso completo en un solo paso. Es probablemente el primer programa, que se pueda considerar como tal, que realicé el Python. 
He querido hacer una reflexión sobre lo que significa analizar datos génomicos y lo que no. En el fondo sobre la importancia de que el trabajo experto lo realicen los... ¿expertos se llamaban? ¿no? Y es que no se puede permitir todo en el mundo de la investigación, porque luego pasa lo que pasa, como hemos visto recientemente en distintos medios:

http://elpais.com/elpais/2016/07/26/ciencia/1469532340_615895.html
http://omicrono.elespanol.com/2016/07/error-software-resonancia-magnetica/
http://www.nature.com/news/good-data-are-not-enough-1.20906
http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html

Y no solo hablando de análisis, actualmente vivimos inmersos en una auténtica Crisis de Reproducibilidad:

http://www.nature.com/news/reproducibility-1.17552
http://www.sheldrake.org/about-rupert-sheldrake/blog/the-replicability-crisis-in-science

Siempre hay que tener 1000 ojos. Recientemente yo me he encontrado con datos proporcionados por una empresa especializada en secuenciación y análisis que presentaban errores de interpretación de importancia.
Por eso hace falta poner mucho cuidado y conocer al dedillo todos y cada uno de los entresijos de lo que se analiza. De hecho, cualquier persona puede convertirse en experto con mucho esfuerzo y tesón. Hace falta repetir y repetir. Hace falta, en el caso concreto que nos ocupa, pintar muchos datos de la literatura, que ya están pintados, y ver que sacas las mismas conclusiones, y ser crítico para saber que, aunque lo hayas podido reproducir, si has entendido completamente el proceso y consideras que puede haber errores, mejorarlo. Y también hace falta recorrer los datos y conocerlos casi como si fueran hijos tuyos, porque esa es la única manera de detectar errores en conjuntos de número que contienen millones de elementos todos con un aparente sentido. La, tan denostada, inspección "a ojo" es muy útil a la hora de entender e intepretar resultados. Y también para poder diseñar las "preguntas" que hacer a continuación.

Hay que preguntar que si fueras un científico que quisiese publicar sus investigaciones ¿enviarías a las revistas datos que no comprendes todos los pasos por que pasan? Pues eso es lo que ocurre en gran parte de la ciencia mundial, se confunde el periodo formativo con el periodo experto y al final, la ciencia no avanza con paso firme, avanza a pesar de todo lo que se va publicando. Claro que si las revistas contasen con personal especializado en revisar los materiales y métodos paso a paso bajarían mucho su índice de publicación (y como parte negativa para los autores, se incrementaría aún más el interminable periodo de revisión). Pero bueno, eso ya es otra historia.