Clusters a mansalva

Hacía tiempo que no ponía nada por aquí y me apetece dejar esta muestra de mi última carrera del HiSeq 4000 corriendo y con todos los clusters ordenaditos. Sigo alucinando, eso si, con la diferencia que supone cargar un NextSeq, en el que Illumina se centró en que sea fácil de usar, con uno de éstos bichos, que tienen muchos más pasos y, sobre todo, hay que tener mucho más cuidado y atención.

En esta hemos conseguido unos 3000 Millones de Reads que no está nada mal (bueno, de hecho está en el límite superior, este ya no da más de si xD). Unos 500 Gb de carrera una vez demultiplexada para 4 genomas humanos. El trabajo de muchos años ahora en pocas horas...

Una cosa si que está clara con los secuenciadores de Illumina, son piezas de ingeniería muy delicadas y deben estar en mantenimiento con la casa. En nuestro caso la tontería de un sensor en una de las puertas, que se había estropeado del uso normal, nos hizo repetir una carrera y tener parado el equipo hasta que solucionaron el problema. Eso si, todo muy eficientemente que para eso tienen las tarifas que tienen. No me quiero ni imaginar lo que hubiera supuesto esa ausencia de soporte, ya sólo por la reposición de la carrera, no hablemos de la reparación.

Y menos mal también que no es el único equipo del que disponemos porque esto no para. Pero bueno, como digo todo vuelve al máximo rendimiento. No se por qué os cuento estas cosas cuando simplemente quería compartir la foto xD.

GRIS, de Nomada Studio

Nomada Studio, un no muy conocido (de momento) estudio de videojuegos español nos presenta su propuesta de videojuego fundido con el más evocador arte. Como si de acuarelas se tratase la historia de Gris nos viene contada de una forma diferente.

Con un traje hecho de tristeza y un viaje a través de un mundo caótico, que nos llevará unas 3 horas completar, debemos recorrer el camino de vuelta a casa acompañando a nuestra protagonista.

Yo de momento le seguiré la pista a este juego indie con tan buena pinta y cuando salga el diciembre ya sabré algo más de él.

Escuchando pajarillos

El Machine Learning está de moda. Parece que para que algo se pueda tomar en serio en estos días en los que vivimos debe llevar al menos dos de los tres conceptos claves, Machine Learning, Artificial Neural Networks o el ya casi pasado de moda Big Data.

Como científico de datos que soy es mi obligación, aunque también la llamada de mi curiosidad, el estar al día en todo lo que se va realizando en estos campos, entenderlos en su totalidad, utilizarlos correctamente y no creer en la magia.

Pero hoy no vamos a hablar de la magia del código sin sentido y de la gente que simplemente se limita a utilizar sin entender las herramientas de la ciencia de los datos. Hoy nos vamos a centrar en un pequeño ejemplo de la unión entre buenos programadores y buenos expertos en sus campos, en este caso la ornitología.

Desde el laboratorio de Cornell, en colaboración con Google, han creado una web en la que clasificar los cantos de miles de aves. He visto en varias webs que hablan de este proyecto y el uso del tSNE sin saber qué es ni para qué sirve... lo cual es bastante triste, pero por desgracia es algo bastante común en la realidad que vivimos. Uno de esos "algoritmos mágicos" de los que hablábamos al principio.

No es tarea de esta entrada profundizar en ese tema, que ya abordaremos en el futuro ya que entender el algoritmo es algo bastante más bonito y satisfactorio que simplemente utilizarlo. Y no sólo eso, también ayuda a saber en qué condiciones en útil y en cuales no. Ver la explicación por su propio creador en su presentación en sociedad es algo que nos permite la Era Digital y que no entiendo por qué no se aprovecha más. Pero oye, allá cada cual con sus intereses.

En fin, que la web de Bird Sounds me ha parecido un ejemplo elegante y bonito de los usos de la computación y su colaboración a la hora de clasificar y sacar nuevas conclusiones. Yo no dudo que el sueño del que hablan en el vídeo, en el que, con solo un micrófono y un ordenador entrenado se pueda monitorizar un área de la jungla, sea posible en un periodo muy breve de tiempo. Por suerte en el mundo si que hay algunas personas que respetan su propio trabajo y buscan la excelencia dentro de las posibilidades reales.

Por cierto, la web es esta: https://experiments.withgoogle.com/ai/bird-sounds/view/

Asturias - Melendi

Ayer hablábamos de Fernando Alonso, el Rey del Viento y hoy recordamos la canción en la que se le denomina así.

Hasta luego Fernando

Querida F1 ....... pic.twitter.com/9w98zWEg1t

— Fernando Alonso (@alo_oficial) 14 de agosto de 2018

Fernando Alonso ha anunciado algo que llevábamos esperando, y temiendo, ya unas cuantas temporadas, deja la Fórmula Uno, al menos por el momento. Estaba claro que, después de su victoria en las 24 horas de Le Mans ya sólo le queda un diamante para su Triple Corona y no va a dejar pasar la oportunidad por permanecer en una categoría en la cual no tiene opciones de ganar.

Es una lástima que la F1 sea tan dependiente de la máquina porque es una opinión unánime en el paddock que es uno de los más grandes de la historia. También es cierto que es incómodo, pero es que la excelencia suele serlo, no lleva bien la mediocridad o, peor aún, la incompetencia.

En Mayo volvió a demostrar por qué es uno de los mejores pilotos de la historia del automovilismo cuando, en una épica remontada noctura, un novato Alonso volvió a meter a su coche y a sus compañeros en la lucha por la primera posición que más tarde conseguirían. 

La historia le debe al menos dos Mundiales que le fueron arrebatados en despachos oscuros, pero al final, como hemos dicho muchas veces, el mazo de la historia no perdona y a él se le recordará aún con 2 copas y muchos de sus rivales quedarán en el olvido. 

El coronado Rey del Viento por Melendi deja, al menos por ahora (yo no descartaría que volviese cuando le puedan ofrecer un coche en condiciones), el deporte con el que emocionó a media España. Ahora le seguiremos en su gira americana por la IndyCar y en la Supertemporada del Mundial de Resistencia que de momento lleva muy bien encaminada. A mi no me cabe la menor duda de que conseguirá, no solo la Triple Corona (24h de Le Mans, 500 Millas de Indianápolis y GP Mónaco de F1) sino que conseguirá los 3 campeonatos para su palmarés, algo que, de momento, nadie ha conseguido. Suerte para esas nuevas aventuras y seguiremos atentos a sus logros.

Al pie del cañón

Hoy os voy a descubrir otra de esas cosas que nadie se plantea de la genómica y bioinformática, concretamente el distinto flujo de trabajo respecto a lo habitual. Hay muchos investigadores, sobre todo aquellos asociados a las universidades, que toman sus vacaciones en el periodo estival. Bueno, siendo realistas, a muchos Investigadores Principales esto les parece superfluo pero como sus laboratorios quedan vacíos y reciben una notificación por parte del gestor de sus edificios sobre el cierre del mismo para ahorrar en costes, pues no les queda más remedio que echar el cierre.

Las cosas son algo diferentes en las unidades de entidades no tan relacionadas con universidades cuyo edificio no cierra. Y es que estas vacaciones forzosas de muchos investigadores son aprovechadas por ellos mismos para lanzar trabajos o artículos para que "vayan pasando trámites" mientras ellos están en barbecho.  Por tanto en varios aspectos, las temporadas cercanas a los periodos vacaciones habituales se convierten en las épocas de más actividad.

Pero lo cierto es que eso está bien, porque permite rendir mucho más, con la tranquilidad que da no tener entregas "para ayer" pero con una ocupación constante. Además, vivir en una cuidad "de vacaciones" no deja de ser disfrutable. Y luego, cuando la actividad baja mientras se inspeccionan los nuevos datos generados, la rebajas en los viajes son más que considerables. Pero eso es otra historia, ahora hay que seguir disfrutando mientras se hace un gran trabajo, necesario y apreciado. El gusto del trabajo bien hecho, es una lástima que sea un placer tan poco apreciado por la gente que prefiere las cosas a medias.