Aniversario cardiovascular

Un año hace ya (bueno, en realidad mañana, que el año pasado era domingo, pero eso son tecnicismos) desde que entré en el CNIC. Al final el tiempo pasa volando y por eso se me hace raro la gente que piensa en periodos tan "cortos" como si fueran una eternidad. Y cuidado, que yo he sido de los que un mes para el lanzamiento de un juego se me hacía una eternidad, pero al final, sin saber cómo ni por qué, el tiempo parece acelerarse y lo que antes tardaba en llegar ahora no lo ves venir.

¿Qué balance hago de este año en un nuevo puesto? Pues positivo, con mucho aprendido a la espalda y una buena dosis de responsabilidades adquiridas. Lo digo muy a menudo, y lo seguiré diciendo, pero es que es otro nivel. Pasar a que los proyectos que concenden, en parte con tu ayuda, sean de varios millones de euros, incluso superando la decena, no deja de ser un salto muy importante.

Y no sólo por lo que representan económicamente, claro, sino también porque para justificar esas cantidades las preguntas biológicas tienen más relevancia, al menos en las evaluaciones, para el conocimiento humano. Además de que las técnicas acompañan en complejidad y, sobre todo, en actualidad.

Al final esto no deja de ser como ir aumentando el zoom del mapa del conocimiento y, cuando antes todo parecía la frontera, ahora queda a años luz por detrás de esa compleja muralla que hay que desplazar.

Naturalmente eso implica que la dificultad de estar al día con todo aumenta, pero ahí está lo bonito, y lo que enseña. Siempre es mejor tener la sensación de no llegar a todo pero ir superando reto tras reto que la de tenerlo todo controlado y perder la capacidad de sorprenderse.

Al menos yo lo veo así pero imagino que habrá otra gente a la que no le importe quedarse atrás.

Cuando el año que viene toque el siguiente repaso, miraré hacia atrás y todas las novedades actuales me parecerán lejanas, porque la actualidad se siga imponiendo. Pero para eso se hace uno científico ¿no?

Genome Analyzer IIx, historia reciente de la secuenciación

Hoy hemos despedido en la Unidad de Genómica al viejito Genome Analyzer IIx (o GAIIx para abreviar). Naturalmente yo no lo he visto funcionando ya que la jubilación le llegó hace ya unos cuantos años con la llegada del HiSeq 2500, pero si que he analizado sus salidas en alguna ocasión, y no pocas.

Así que no ha dejado de darme penilla despedir a esta "vieja" reliquia. En este negocio, en el que aún se está en una curva ascendente de creación sin freno, los aparatos quedan obsoletos casi al comprarlos y dan paso a nuevas máquinas, más potentes, más versátiles, con salidas de más calidad, o simplemente más especializadas.

Carreras de, con suerte, 20-30 millones de lecturas, que había que "alimentar" durante la propia carrera. Con un prisma impoluto, aceite de inmersión para fotografiar la flowcell. Todo mucho más manual, pero también, en cierto sentido, bonito. Ahora en cualquier hospital, con un presupuesto mínimo superan el throughput de esta máquina, pero no habrían existido sin ella.

En fin, el GA toma su merecido descanso mientras el HiSeq4000 y el 2500 no dejan de arrojar lecturas, es ley de vida, o más bien, de secuenciación.

Clusters a mansalva

Hacía tiempo que no ponía nada por aquí y me apetece dejar esta muestra de mi última carrera del HiSeq 4000 corriendo y con todos los clusters ordenaditos. Sigo alucinando, eso si, con la diferencia que supone cargar un NextSeq, en el que Illumina se centró en que sea fácil de usar, con uno de éstos bichos, que tienen muchos más pasos y, sobre todo, hay que tener mucho más cuidado y atención.

En esta hemos conseguido unos 3000 Millones de Reads que no está nada mal (bueno, de hecho está en el límite superior, este ya no da más de si xD). Unos 500 Gb de carrera una vez demultiplexada para 4 genomas humanos. El trabajo de muchos años ahora en pocas horas...

Una cosa si que está clara con los secuenciadores de Illumina, son piezas de ingeniería muy delicadas y deben estar en mantenimiento con la casa. En nuestro caso la tontería de un sensor en una de las puertas, que se había estropeado del uso normal, nos hizo repetir una carrera y tener parado el equipo hasta que solucionaron el problema. Eso si, todo muy eficientemente que para eso tienen las tarifas que tienen. No me quiero ni imaginar lo que hubiera supuesto esa ausencia de soporte, ya sólo por la reposición de la carrera, no hablemos de la reparación.

Y menos mal también que no es el único equipo del que disponemos porque esto no para. Pero bueno, como digo todo vuelve al máximo rendimiento. No se por qué os cuento estas cosas cuando simplemente quería compartir la foto xD.

Escuchando pajarillos

El Machine Learning está de moda. Parece que para que algo se pueda tomar en serio en estos días en los que vivimos debe llevar al menos dos de los tres conceptos claves, Machine Learning, Artificial Neural Networks o el ya casi pasado de moda Big Data.

Como científico de datos que soy es mi obligación, aunque también la llamada de mi curiosidad, el estar al día en todo lo que se va realizando en estos campos, entenderlos en su totalidad, utilizarlos correctamente y no creer en la magia.

Pero hoy no vamos a hablar de la magia del código sin sentido y de la gente que simplemente se limita a utilizar sin entender las herramientas de la ciencia de los datos. Hoy nos vamos a centrar en un pequeño ejemplo de la unión entre buenos programadores y buenos expertos en sus campos, en este caso la ornitología.

Desde el laboratorio de Cornell, en colaboración con Google, han creado una web en la que clasificar los cantos de miles de aves. He visto en varias webs que hablan de este proyecto y el uso del tSNE sin saber qué es ni para qué sirve... lo cual es bastante triste, pero por desgracia es algo bastante común en la realidad que vivimos. Uno de esos "algoritmos mágicos" de los que hablábamos al principio.

No es tarea de esta entrada profundizar en ese tema, que ya abordaremos en el futuro ya que entender el algoritmo es algo bastante más bonito y satisfactorio que simplemente utilizarlo. Y no sólo eso, también ayuda a saber en qué condiciones en útil y en cuales no. Ver la explicación por su propio creador en su presentación en sociedad es algo que nos permite la Era Digital y que no entiendo por qué no se aprovecha más. Pero oye, allá cada cual con sus intereses.

En fin, que la web de Bird Sounds me ha parecido un ejemplo elegante y bonito de los usos de la computación y su colaboración a la hora de clasificar y sacar nuevas conclusiones. Yo no dudo que el sueño del que hablan en el vídeo, en el que, con solo un micrófono y un ordenador entrenado se pueda monitorizar un área de la jungla, sea posible en un periodo muy breve de tiempo. Por suerte en el mundo si que hay algunas personas que respetan su propio trabajo y buscan la excelencia dentro de las posibilidades reales.

Por cierto, la web es esta: https://experiments.withgoogle.com/ai/bird-sounds/view/

Al pie del cañón

Hoy os voy a descubrir otra de esas cosas que nadie se plantea de la genómica y bioinformática, concretamente el distinto flujo de trabajo respecto a lo habitual. Hay muchos investigadores, sobre todo aquellos asociados a las universidades, que toman sus vacaciones en el periodo estival. Bueno, siendo realistas, a muchos Investigadores Principales esto les parece superfluo pero como sus laboratorios quedan vacíos y reciben una notificación por parte del gestor de sus edificios sobre el cierre del mismo para ahorrar en costes, pues no les queda más remedio que echar el cierre.

Las cosas son algo diferentes en las unidades de entidades no tan relacionadas con universidades cuyo edificio no cierra. Y es que estas vacaciones forzosas de muchos investigadores son aprovechadas por ellos mismos para lanzar trabajos o artículos para que "vayan pasando trámites" mientras ellos están en barbecho.  Por tanto en varios aspectos, las temporadas cercanas a los periodos vacaciones habituales se convierten en las épocas de más actividad.

Pero lo cierto es que eso está bien, porque permite rendir mucho más, con la tranquilidad que da no tener entregas "para ayer" pero con una ocupación constante. Además, vivir en una cuidad "de vacaciones" no deja de ser disfrutable. Y luego, cuando la actividad baja mientras se inspeccionan los nuevos datos generados, la rebajas en los viajes son más que considerables. Pero eso es otra historia, ahora hay que seguir disfrutando mientras se hace un gran trabajo, necesario y apreciado. El gusto del trabajo bien hecho, es una lástima que sea un placer tan poco apreciado por la gente que prefiere las cosas a medias.

A La Caixa también le gusta el CNIC

Hoy quiero hacer un post sólo para festejar los proyectos de investigación financiados por La Caixa que hemos conseguido en el CNIC. Para los que no los conozcáis deciros que son de los fondos más prestigiosos y difíciles de conseguir de este país, al nivel de convocatorias internacionales. Al nivel sólo estarían macroproyectos de financiación privada como el PESA que estamos llevando a término.

Felicitar especialmente a los cuatro grandes IPs que figuran como investigadores principales de los proyectos. Han conseguido convencer con cuatro proyectactazos que merecen financiación y que merecerán mucha atención en un futuro no muy lejano. Tres de los cuatro proyectos del área cardiovascular han llegado al CNIC, claro que por eso somos centro de referencia ¿no?

Yo me incluyo dentro del "hemos" no por un mero uso del plural mayestático, ni siquiera porque en todos ellos habrá una participación muy activa de mi unidad, y por tanto de mi trabajo; sino porque de al menos uno de ellos (no os diré cual para mantener algo de misterio) he participado activamente en su redacción y en otro ya he estado haciendo alguno de los experimentos que han servido para una aproximación a lo que sería finalmente la propuesta.

Y ahora, como dice el Dr. Fuster, hay que hacerlos, que el trabajo no termina cuando te conceden los fondos, sino que ahí es donde empieza lo importante. Hay que darle un buen uso a eso 2,5 Millones de € ¡Al lío!

Vuelve la música a los jardines

Esta semana terminó encontrándome con algunos antiguos compañeros de laboratorio que celebraban su cena de "becarios" de verano en frente de mi casa. Agradable saludar a los amigos y poder compartir con ellos un ratejo. Al final a uno le queda el cariño que le guardan (y que guarda) y que, en este caso parece que es mucho. Esta claro que la objetividad es lo que queda cuando pasa el tiempo.

Pero hoy venía a hablar de otra cosa. Un año más vuelven los sábados de música al aire libre. Si, ya se que hace dos semanas ya hubo pero con la granizada que cayó poco antes de empezar... pues como que no. Y la semana pasada, el jazz se trasladó al Patio de Escuelas, que es mucho más incómodo.

En fin que hemos vuelto a los Jardines de Santo Domingo y lo hemos hecho todos los de siempre. Ya es tradicional ver pasar las mismas caras año tras año. Y así seguiremos mientras siga el espectáculo.

Primera de muchas WGSs

Pues nada, primer genoma humano con cobertura para ensamblaje de principio a fin (naturalmente sin las repeticiones que son "especiales") completo. Naturalmente, de momento, no es el mío, que algún día caerá, más pronto que tarde, al fin y al cabo dispongo de secuenciador, conocimientos y, en caso de que ambas cosas no fuesen suficientes, amigos con conocimientos, ganas de hacerlo y acceso a más secuenciadores, así que sólo es cuestión de tiempo.

Una vez visto el primero, lo cierto es que la muestra concreta abruma. No digamos ya el experimento. Y es que no estamos hablando de un DVD precisamente... Pero esto era lo que llamaban genómica ¿no? Además, si se quiere publicar en revistas importantes, habrá que hacer experimentos de verdad.

¡Seguimos!

Aprendiendo a hablarle a las nuevas máquinas

Hoy nos ha tocado clase magistral de manejo y puesta en marcha del HiSeq 4000. Para los que lleváis en el blog un tiempo ya sabéis que las máquinas de secuenciación masiva de DNA son una de mis mayores fascinaciones, que mantengo actualizada mi colección de flowcells, trabajo a menudo con sus datos y que convivo en mi jornada laboral con unas cuantas de estas máquinas.

Por supuesto también me gusta saber cómo se ponen en marcha, es lo que tiene la curiosidad, te lleva a intentar aprender cosas nuevas cada día. Y como digo, hoy ha sido uno de esos días en los que aprender las pequeñas diferencias que tiene nuestro nuevo secuenciador respecto a su hermano, el 2500.

Gracias a una experta (y muy agradable) profesora de Illumina ahora ya podemos empezar a secuenciar genomas completos, que para eso hemos puesto en marcha el 4000. Ahora nos esperan unos cuantos meses de no parar de poner carreras dobles (ya que se pueden utilizar 2 flowcells al mismo tiempo) de forma que podamos llegar a unas cuantas centenas de personas secuenciadas antes de fin de año.

Sin duda una aventura apasionante que añadir a la lista. Próximo secuenciador ¿NovaSeq 6000?

Visita estelar

Esta claro que trabajar en un auténtico centro de excelencia tiene ciertas ventajas y una de ellas es que conoces gente que, de otra forma, sería más bien inaccesible. Hoy, sin ir más lejos, hemos tenido el placer de tener entre nuestras paredes a un auténtico astronauta, y no solo eso, al encargado de restaurar uno de los ministerios más importantes, el de Ciencia, Innovación y Universidades.

Y lo mejor de todo es que sabemos que no será la única vez que se deje caer por aquí (y que es una persona super cercana y agradable). Está claro que es más fácil hacer llegar lo que no funciona en este gremio si la persona encargada de mejorarlo está receptiva y... ¿cerca?

Vacaciones no tan de asueto

Se terminan estas "improvisadas" vacaciones de mayo. Unos días a los que un castellano-leonés no está tan acostumbrado ya que se juntan días propios de la comunidad de Madrid pero que, con una buena planificación, cunden tanto como la semana santa. Vamos que en un alarde de evitar viajes de ida y vuelta en el tren he optado por aprovechar la semana entera.

Eso si, el hecho de que uno vuelva a recuperar la curiosidad perdida hace un tiempo, el interés por hacer las cosas bien y por aprender nuevas técnicas lleva a que los días de vacaciones no se traduzcan en eso que mucha gente parece preferir. En mi caso no he podido por menos que mantener activa la cabeza con algunos cursos que me permitan profundizar en las técnicas de reducción de dimensionalidad, extracción de vectores propios, identificar grupos a priori dispersos, etc...

Y es que yo no aplico cosas simplemente porque lo sugiera una web de internet. He de comprender las motivaciones, beneficios y problemas que puede acarrear el uso de una técnica u otra. Sinceramente creo que no vale con ejecutar una serie de instrucciones sin mayor planteamiento que si cumplen las reglas sintácticas del lenguaje. La semántica también importa y más cuando lo que se pretende es extraer información de un conjunto de datos.

Es posible que, al final del proceso, se terminen ejecutando las mismas instrucciones y en el mismo orden. Que en el conjunto de datos objeto de análisis el mejor proceso sea ese que describen los tutoriales. Y que, de haberlo aplicado sin entender lo que se hace, el resultado final sea prácticamente el mismo. Pero entonces ¿qué nos diferenciaría de las máquinas?

Y más importante aún ¿cómo podríamos estar seguros de que es el proceso correcto? ¿Cómo podríamos explicar qué se está haciendo? Y no, no vale con soltar una ristra de nombres de algoritmos seguidos de un "como todo el mundo". Si cambian los datos de partida ¿cómo nos ajustamos a ellos? Y, sobre todo, ¿cómo seríamos capaces de mejorar el proceso?

Sí, entiendo que para mucha gente es suficiente con terminar con un mapa de colorines que poder enseñar, pero en eso no consiste la ciencia, y mucho menos la ciencia de los datos. Al final, si aceptamos como verdades universales, y sin planeamiento crítico, los procesos preestablecidos ¿cómo generaremos nuevo conocimiento? No en vano esa búsqueda por entender los procesos es lo que diferencia a los científicos del resto de las personas. No sólo querer responder una pregunta concreta, no, también entender cómo haces esa pregunta, qué respuestas estás obteniendo, si realmente son apropiadas para la conclusión a la que se llega. No es tan sencillo.

Por tanto no, para mi las vacaciones no son para "tirarse en el sofá y no hacer nada". Sinceramente, tampoco podría hacer simplemente eso. Aprovecho para incrementar mi "navaja suiza" de utilizades para un mejor análisis, para unas conclusiones que aporten más información y de las que pueda estar más seguro si cabe.

¿Soy idiota por no "vaguear"? ¿por no aprovechar, con los ojos vendados y la nariz tapada lo que se hace "por defecto"? ¿por poder explicar los pasos que voy dando en cada análisis? Probablemente para el mundo en el que estamos, sumido en la ley del mínimo esfuerzo y de "cualquier chapuza con colorinchis es válida", sí. Pero yo no sigo las enseñanzas de La Chapuza Total de Shery Bobbins en Los Simpsons.

Además, dudo mucho que la mayoría de las grandes mentes, de los gigantes, que nos han traído hasta aquí se conformasen con hacer lo que estaba establecido, sin preguntarse el porqué. Y con ello no me quiero comparar, ni mucho menos, con esas personalidades. Simplemente se que si, en algún momento quiero acercarme mínimamente a lo que consiguieron tengo que actuar como lo habrían hecho, no con el "todo vale".

Colección científicos: Hipatia, la verdad en las matemáticas

Después de muchos escollos en el camino (todos ellos comprendidos) que han llevado al retraso de su llegada, por fin está en casa el nuevo título de la Colección Científicos con la que Jordi Bayarri intenta acercar la ciencia a los más pequeños.

La personalidad que en esta ocasión se presta a ser representada en formato de cómic es Hipatia de Alejandría, una de las pioneras en el mundo de las matemáticas y cuyos estudios trataron de aplicar el pensamiento analítico a los grandes misterios a los que se enfrentaba el ser humano.

Si os interesa el personaje la película de Alejando Amenabar, Ágora, también trata sobre esta inteligentísima científica cuyo trabajo no fue tan tenido en cuenta como se merecía por el mero hecho de ser mujer.

A ver con qué científico o científica con sorprende Jordi para la próxima entrega, yo ya le he hecho unas cuantas sugerencias, aunque claro, después de ilustrar el juego de cartas Eureka! tiene una buena lista encima de la mesa.

[Reflexión] Los grandes tramposos de la ciencia, de Adeline Marcos para La Vanguardia

Hace ya algún tiempo que no traigo por aquí artículos sobre los que reflexionar un poquito y ayer Google Now me recomendó este de La Vanguardia que habla sobre algunos "grandes tramposos" de la ciencia. En él se cuentan algunos casos flagrantes de fraude científico, bien por falsear datos, bien por robos y otras malas artes (tan de moda ahora en los realities de la TV).

Son sólo un par de ejemplos seleccionados de entre una disciplina humana que cada vez sufre más la lacra del mal hacer. Si que hemos hablado en otras ocasiones de este problema, y sus causas, en este blog, y lo seguiremos haciendo porque es uno de los mayores problemas a los que se enfrenta el ser humano.

Y no será porque no se detecte en algún momento el fraude. Al final al tramposo es bastante probable que le termine llegando una carta editorial de Nature (o Science, Cell o cualquier otra revista) en la que recomienden que acepte firmar una retractación que, de todas maneras, se publicará. En algunos casos esto termina en suicidio ¿una medida demasiado drástica? Supongo que depende de la conciencia de cada uno.

Pero hasta que eso ocurre y los artículos manchados se van retirando, cargando de dudas a sus autores, la ciencia no puede avanzar en la dirección que debe hacerlo. Porque al final las revisiones las llevan a cabo seres humanos, con sus filias y sus fobias, sus amigos y enemigos y, sobre todo, con sus intereses particulares.

Yo mantengo la esperanza de que, con internet y las posibilidades que ofrece de plantear las dudas razonables sobre la ciencia que se va realizando se vaya limpiando la porquería de manera más eficiente. Al fin y al cabo Linux existe gracias a que miles de ojos revisan cada paso que se está dando.

Por mi parte lo único que puedo hacer es mantenerme vigilante y plantear a la comunidad todas aquellas dudas que me surjan a leer los trabajos. ¿No se suponía que en eso consistía la ciencia? ¿En dudar de todo? ¿En no dar nada por preestablecido?

100.000 genomas

Hoy es el día del ADN y gran parte de la ciencia está recordando y reconociendo el papel que desempeñó Rosalind Franklin. La ciencia le debe mucho y por estos lares ya se ha reivindicado en muchas ocasiones el hecho de que, sin su fotografía, James Watson y Francis Crick no habrían podido encontrar la forma mayoritaria (que no la única) en la que se organiza la molécula de la vida. Lo más gracioso es que sin ellos dos, Linus Pauling habría terminado dando con la estructura correcta pero sin la imagen de Rosalind se habría tardado mucho más. Uno de los mayores robos de la historia de la ciencia.

Este 2018 hace 15 años desde que el primer borrador de la secuencia completa del genoma humano fue liberado. Ya se habían publicado versiones preliminares anteriores pero hace 15 años se publicó lo más parecido a lo que hoy consideramos como "la versión de referencia". Una secuencia que tardo más de 10 años en llegar, una inversión de fondos extraordinaria y una ingente cantidad de trabajo para conocer el libro en de instrucciones para crear a un ser humano.

Hoy el Broad Institute, una de las instituciones más importantes en genómica ha secuenciado su genoma humano 100.000. No es la única que lo está haciendo, de hecho nosotros empezaremos en breve una tanda importante de población ibérica. Pero si que es una cifra importante, impensable hace no mucho tiempo.

Abu Dhabi pretende secuenciar a toda su población. En China van a por el millón de genomas. Habrá un día dentro de no mucho en que todos tengamos nuestro genoma en una base de datos y todo empezó con una imagen de una X que había que interpretar y que tenía mucho más significado.

Uno más de los nuevos proyectos

¿Quién me iba a decir hace un par de años que al final sería yo quien terminaría trabajando con enfermedades raras? Pues si, uno de mis nuevos proyectos está relacionado con enfermedades raras, varias, genéticas todas ellas, pero de las que algunos pacientes no se sabe cuál es la mutación que las causa.

Uno de los problemas de estas enfermedades raras genéticas es que los que más las sufren suelen ser niños ya que, al no disponer del gen funcional todo el desarrollo se ve afectado. En este caso en concreto además lleva a la muerte muy temprana si no se realiza un trasplante.

Es a la vez un orgullo y una responsabilidad muy grande el tratar con datos tan especiales. Sólo puedo esforzarme al máximo, como hago siempre, para intentar aportar mi pequeño granito de arena en una búsqueda de entender mejor los mecanismos moleculares que provocan estas enfermedades para ver si así, en un futuro, se pueden acercar algún tratamiento efectivo que permita a estos niños evitar el trasplante, o al menos aguantar hasta que les llegue un órgano apropiado.

Primeras satisfacciones en Single Cell

From: Genomics: The single life. 2012. Brian Owens. Nature 491, 27–29

Aprender nuevas técnicas es una actividad nunca carente de una dificultad intrínseca, máxime cuando se trata de herramientas que aún están naciendo y de técnicas que, antes de que se dominen completamente, pasan a ser sustituidas. Así es el mundo científico, sobre todo cuando uno se encuentra en ese punto, justo al borde de lo que se sabe y el horizonte de novedad.

Me voy - Julieta Venegas

Porque no
supiste entender a mi corazón
Lo que había en él
Porque no
tuviste el valor de ver quien soy

Porque no
escuchas lo que esta tan cerca de ti
Sólo el ruido de afuera
Y yo
que estoy a un lado desaparezco para ti

No voy a llorar y decir que no merezco esto
Porque
es probable que
Lo merezco pero no lo quiero

Por eso me voy
Que lastima pero adiós
Me despido de ti y me voy
Que lastima pero adiós
Me despido de ti

Porque sé
que me espera algo mejor
Alguien que sepa darme amor
De ese que endulza la sal y hace que salga el sol

Yo que pensé nunca me iría
que es amor del bueno
De toda la vida pero
Hoy entendí que no hay suficiente para los dos

No voy a llorar y decir que no merezco esto
Porque
es probable que
Lo merezco pero no lo quiero
Por eso me voy

Que lastima pero adiós
Me despido de ti y me voy
Que lastima pero adiós
Me despido de ti

Me voy
Que lastima pero adiós
Me despido de ti y me voy
Que lastima pero adiós
Me despido de ti y me voy
Que lástima pero adiós
Me despido de ti y me voy
Que lástima pero adiós
Me despido de tiiiii y me voooy

Inauguración de Binomio, diálogos entre arte y ciencia

Uno de los (múltiples) beneficios de trabajar en uno de los campus científicos más importantes del país es que realizan muchas actividades que, teniendo que ver con la ciencia, son... diferentes. Hoy el CNIO inauguraba su nueva exposición, Binomio, diálogos entre arte y ciencia y allí que hemos estado, rodeados de autoridades.

Mosquitos, tus próximos b... ecarios

Seguimos en nuestro ciclo especial sobre ciencia y hoy nos toca hablar de un nuevo descubrimiento ciertamente sorprendente que se ha publicado en Current Biology. En concreto, y como podéis leer en el título, es un descubrimiento realizado sobre los mosquitos. Resulta que tienen memoria, y pueden aprender.

¿Cuántas réplicas hacen falta en un RNA-Seq?

¿Cuántos científicos hacer falta para poner una bombilla? Como si de un chiste se tratase titulo esta entrada en la que vamos a tratar un tema espinoso y es el número de réplicas que hace falta realizar en un experimento de RNA-Seq para que sus conclusiones sean estadísticamente asumibles. Si si, ese dato tan temido porque eleva los presupuestos pero que, si uno quiere ser realmente riguroso debería, al menos, conocer.

Klaus B (2015) Statistical relevance—relevant statistics, part I. EMBO J 34: 2727–2730