Genome Analyzer IIx, historia reciente de la secuenciación

Hoy hemos despedido en la Unidad de Genómica al viejito Genome Analyzer IIx (o GAIIx para abreviar). Naturalmente yo no lo he visto funcionando ya que la jubilación le llegó hace ya unos cuantos años con la llegada del HiSeq 2500, pero si que he analizado sus salidas en alguna ocasión, y no pocas.

Así que no ha dejado de darme penilla despedir a esta "vieja" reliquia. En este negocio, en el que aún se está en una curva ascendente de creación sin freno, los aparatos quedan obsoletos casi al comprarlos y dan paso a nuevas máquinas, más potentes, más versátiles, con salidas de más calidad, o simplemente más especializadas.

Carreras de, con suerte, 20-30 millones de lecturas, que había que "alimentar" durante la propia carrera. Con un prisma impoluto, aceite de inmersión para fotografiar la flowcell. Todo mucho más manual, pero también, en cierto sentido, bonito. Ahora en cualquier hospital, con un presupuesto mínimo superan el throughput de esta máquina, pero no habrían existido sin ella.

En fin, el GA toma su merecido descanso mientras el HiSeq4000 y el 2500 no dejan de arrojar lecturas, es ley de vida, o más bien, de secuenciación.

Primera de muchas WGSs

Pues nada, primer genoma humano con cobertura para ensamblaje de principio a fin (naturalmente sin las repeticiones que son "especiales") completo. Naturalmente, de momento, no es el mío, que algún día caerá, más pronto que tarde, al fin y al cabo dispongo de secuenciador, conocimientos y, en caso de que ambas cosas no fuesen suficientes, amigos con conocimientos, ganas de hacerlo y acceso a más secuenciadores, así que sólo es cuestión de tiempo.

Una vez visto el primero, lo cierto es que la muestra concreta abruma. No digamos ya el experimento. Y es que no estamos hablando de un DVD precisamente... Pero esto era lo que llamaban genómica ¿no? Además, si se quiere publicar en revistas importantes, habrá que hacer experimentos de verdad.

¡Seguimos!

Aprendiendo a hablarle a las nuevas máquinas

Hoy nos ha tocado clase magistral de manejo y puesta en marcha del HiSeq 4000. Para los que lleváis en el blog un tiempo ya sabéis que las máquinas de secuenciación masiva de DNA son una de mis mayores fascinaciones, que mantengo actualizada mi colección de flowcells, trabajo a menudo con sus datos y que convivo en mi jornada laboral con unas cuantas de estas máquinas.

Por supuesto también me gusta saber cómo se ponen en marcha, es lo que tiene la curiosidad, te lleva a intentar aprender cosas nuevas cada día. Y como digo, hoy ha sido uno de esos días en los que aprender las pequeñas diferencias que tiene nuestro nuevo secuenciador respecto a su hermano, el 2500.

Gracias a una experta (y muy agradable) profesora de Illumina ahora ya podemos empezar a secuenciar genomas completos, que para eso hemos puesto en marcha el 4000. Ahora nos esperan unos cuantos meses de no parar de poner carreras dobles (ya que se pueden utilizar 2 flowcells al mismo tiempo) de forma que podamos llegar a unas cuantas centenas de personas secuenciadas antes de fin de año.

Sin duda una aventura apasionante que añadir a la lista. Próximo secuenciador ¿NovaSeq 6000?

¿Cuántas réplicas hacen falta en un RNA-Seq?

¿Cuántos científicos hacer falta para poner una bombilla? Como si de un chiste se tratase titulo esta entrada en la que vamos a tratar un tema espinoso y es el número de réplicas que hace falta realizar en un experimento de RNA-Seq para que sus conclusiones sean estadísticamente asumibles. Si si, ese dato tan temido porque eleva los presupuestos pero que, si uno quiere ser realmente riguroso debería, al menos, conocer.

Klaus B (2015) Statistical relevance—relevant statistics, part I. EMBO J 34: 2727–2730