martes, 7 de abril de 2015

Aleatoriedad universal

La física cuántica, la física de lo más pequeño nos demuestra, o al menos lo intenta, que todo el Universo es aleatorio. Todo. En su inconmensurable extensión. Por lo menos en nuestra escala de comprensión es así. Yo siempre he sido un poco escéptico acerca de la aleatoriedad, decantandome más por una infinidad de variable ocultas que aún no llegamos a entender. Pero lo cierto es que, de momento, el azar es la única respuesta válida.
Y hay que admitir que el azar juega muy bien sus cartas haciendo que, al final, hasta los más definidos trabajos terminen llevando a la aleatoriedad (o, al menos, a la pseudoaleatoriedad).

lunes, 6 de abril de 2015

¿Qué NO es un bioinformático?


Hace unos días publiqué por aquí un artículo con lo que, en mi opinión, debería ser un buen bioinfomático. Probablemente me dejé cosas en el tintero, y habrá que revisarlo dentro de un tiempo, pero en principio es bastante completo. En parte buscaba ser una llamada de atención a los bioinformáticos actuales y futuros, para que no se encasillen en un trabajo mal hecho o no se lleven a engaños (por no decir "mentiras") cuando busquen empezar en este negocio.
Hoy os traigo una parte complementaria lo que, una vez más bajo mi punto de vista, no es un bioinformático. En este caso es una llamada de atención al resto, a los que conviven con los bioinformáticos y colaboran con ellos. Porque esa es la relación que debe mantenerse, la de colaboración.
Sobra decir que estos puntos son aplicables para un bioinformático que sea bueno y profesional en su trabajo, no para todos aquellos que se creen bioinformáticos. Sin más dilación os dejo con ello:

  • No es tu puta (a la que te follas cuando quieres). Siento ser tan soez, y más en el primer punto, pero creo que esto es algo que hay que dejar bien claro. Un bioinformático no es el que está en el laboratorio para satisfacer todos los deseos y curiosidades del jefe y demás compañeros. Mirar "cositas" lleva tiempo, normalmente mucho tiempo. Pero sobre todo conlleva perder el hilo de lo que se estuviera haciendo así que eso no es compatible con llevar una línea de principio a fin algo que, a todos los que estamos en este mundillo nos gustaría tener.
  • No es tu camello. No es la persona encargada de pasarte software pirata. De hecho, un buen bioinformático, por pura deformación profesional, huirá del software pirata porque sabe lo mucho que cuesta crear uno de esos programas. Eso si, conocerá bastantes alternativas de libre distribución y uso porque es consciente de las necesidades. Con ello no quiero llevar a engaños porque tampoco es la persona indicada para instalar y mantener los programas de los ordenadores de su alrededor, de hecho no tiene ni siquiera la necesidad de saber hacerlo.
  • No es tu oráculo. No tiene todas las respuestas ni lo sabe todo de nada. Es cierto que, al tratar con muchos datos diferentes termina teniendo nociones de muchas cosas, sobre todo de aquellas que le resultas curiosas, eso no quiere decir que tenga que saberse cuántos orígenes de replicación tiene cada uno de los miles de genomas secuenciados, el porcentaje de cada uno de los posibles dinucléotidos, la localización de cada gen específico o las particularidades concretas de la proteína con la que trabajas. Que no lo sepa no es algo malo es, simplemente, que no es omnisciente.
  • No es un vago. Existe la creencia generalizada de que el bioinformático es un chaval (si, estereotípicamente tiene la necesidad de ser joven) que se pasa el día delante del ordenador, mirando redes sociales, vídeos, noticias... y que, eventualmente, le dice algo al ordenador para obtener el resultado que te interesa. Pues siento acabar con el mito pero no es así. "Hablar" con los ordenadores es una tarea complicada, y muy ingrata además. Requiere de mucha paciencia y mucha, muchísima lógica (y unas cuantas matemáticas, junto con una pizca de imaginación). No es "darle a las teclas y ya está", ni muchísimo menos. Pero oye, que no lo digo yo, que cualquiera puede (y debe) aprender a programar y pasearse por las webs de problemas propuestos para comprobarlo por su mismo.
  • No es un experto en todo. La bioinformática, como buena rama de las matemáticas que es, es un campo inmenso y muy poco explorado. Eso la convierte en una ciencia muy bonita, pero también temible. La palabra genérica "bioinformático", al igual que su hermana mayor "informática", hace mucho daño porque engloba a los que saben mucho de microarrays, secuenciación masiva, estudios evolutivos, re-ensamblaje de genomas completos, análisis de imágenes de microscopía, proteómica, reconstrucción tridimensional de proteínas... y un largo etcétera de campos. Cada uno de ellos es muy amplio en si mismo y muy diferente de sus hermanos con lo que es imposible abarcarlos todos, y mucho menos abarcarlos bien.
  • No es una máquina de generar artículos. No se puede ir con la premisa de que tú al bioinformático le vas a llevar unos datos crudos y te va a generar un artículo. Y no sólo porque la interpretación de los resultados no es su tarea (habrá veces que si y veces que no, según el caso) sino porque puede ser, incluso, contraproducente. ¿Por qué? Muy sencillo. El bioinformático, si no sabe interpretar los datos, puede realizar análisis erróneos, basados en la premisa de "tiene que salir algo" o "ese gen tiene que estar entre los elegidos, aunque no tenga buena significación". Los datos son los que son, y no se pueden hacer cambalaches con ellos porque no es algo ético, ni permisible, en un entorno científico.
  • No es tonto. Este es otro punto importante y que, nuevamente, también es aplicable a los informáticos en general. Los informáticos de vocación tienen la "mala" costumbre de decir que sí a todo. De ser agradables y de tratar de ayudar en lo posible. También suelen quitarle importancia al tiempo y esfuerzo que requiere cada tarea. Eso es algo que viene en su ADN y no creo que sea una mala aptitud, en el fondo lo único que intentan es aportar su granito de arena. Ahora bien, eso no quiere decir que sean estúpidos y que no sean plenamente conscientes de lo que hacen y de lo que les piden. ¿Qué quiero decir con esto? Pues que quema mucho ser "el tonto", "el último mono" y del que sólo se acuerdan cuando algo se rompe. Que se le quite importancia al esfuerzo, por parte de quien lo hace, no quiere decir que sea menos el trabajo, quiere decir que la persona que lo solicita debe valorarlo en la medida que se merece y darse cuenta de lo que hay. Un buen ejercicio mental para realizar sería imaginar, por un momento, un mundo en el que "el idiota del informático" que tengas cerca desapareciera sin avisar y en cómo cambiaría tu vida (tanto investigadora como general) en ese supuesto. Creo que si ese ejercicio se hiciera con sinceridad muchos se llevarían grandes sorpresas. Con esto no quiero decir, ni mucho menos, que seamos imprescindibles, sólo que no somos los que van por detrás del último.

Esta lista de cosas que no es un bioinformático, probablemente, no estará completa. Ahora bien, todo lo que se dice en ella es cierto en el sentido de que, en la cabeza de mucha gente, están arraigados esos conceptos. No están todos los que son, pero si son todos los que están. Es probable que os enumere otra lista en un tiempo, cuando descanséis un poco de ésta. Si tenéis cualquier duda, comentario u objeción podéis, por supuesto, hacer un comentario.
Ah, y recordad que a los bioinformáticos, como a cualquier otra persona, les gusta que se les reconozca su trabajo, que se les diga de vez en cuando que está bien, o que han trabajado mucho y, sobre todo, les gusta aparecer en las publicaciones en las que han participado y en el orden que les corresponde de acuerdo al trabajo que han aportado a cada historia, ni más, ni menos. Claro que para eso, para que se reconozca ese trabajo, han de cambiar muchas mentes. Sólo nos queda confiar.

domingo, 5 de abril de 2015

Nostalgia algorítmica

Hoy he tenido otro de esos momentos de "nostalgia curiosa". Uno de mis entretenimientos en casa es hacer cursos online en estas plataformas de aprendizaje más reguladas que han surgido de un tiempo a esta parte (EDX, Coursera, etc...). Antes solía apuntarme a varios simultáneamente y terminaba sólo los que más me interesaban pero últimamente voy de uno en uno.
El caso es que llevaba ya unos cuantos de temas un poquito más alejados de mi formación como informático (inglés escrito, estadística, diseño de experimentos...) pero en el que estoy embarcado ahora mismo ha vuelto a ser de las más dura y, en cierto modo, compleja informática.
Se trata de la segunda parte de "Algoritmos Bioinformáticos" al que le tenía muchas ganas. Por desgracia no llegué a tiempo para la primera parte :( que ya me hubiera pillado empezado y decidí incorporarme en este, a la espera de que repitan el anterior.
Es un curso... árido para todos aquellos a los que no les guste la algoritmia y las soluciones elegantes a problemas concretos. Pero es muy bonito. Lo cierto es que lo estoy disfrutando bastante y se me está haciendo muy ameno. Ahora bien, si lo miro desde una perspectiva más alejada de mis gustos personales y de mi formación previa, creo que es uno de los cursos más complicados que hay en estas plataformas o, al menos, comparado con otros en los que he participado.
Eso si, creo que da una perspectiva de los problemas a los que se enfrenta en realidad un bioinformático y, por tanto, creo que se debería recomendar en todos los cursos académicos en los que se pretenda enseñar esta disciplina. Así los que quieran acercarse a ella sabrán a qué se enfrentan y alejará a muchas personas que, en realidad, no tienen ni idea de lo que hablan.

sábado, 4 de abril de 2015

Vacaciones de reflexión

Se que lo digo mucho últimamente pero hoy no se qué escribir. Las "vacaciones" llegan a su fin cuando casi ni han empezado. Unas vacaciones de mucho pensar, muchas reflexiones, pero muy pocas conclusiones.
¿Necesarias? Obviamente. Todos estos meses sin días de descanso pasan factura y más cuando han sido como éstos. Ahora bien, creo que no se pueden considerar vacaciones de pleno derecho si no puedes quitarte según qué cosas de la cabeza. Si no puedes descansar, si no puedes relajarte ni un poco.
Finalmente terminé el libro con el que estaba (segunda parte de una trilogía) y empecé uno completamente diferente, de fantasía, que tenía mono, aunque de momento me parece que demasiado juvenil. No termina de ser lo que quería, no termina de encajar. Y esa es una de las mañas costumbres que están cogiendo casi todas las cosas "nuevas" que me rodean.
Nada termina de ser completo y eso que mis exigencias son cada vez menores. Igualito que las sucesivas reformas de la ley de educación.
Creo que necesito un tiempo de aislamiento, como en uno de esos tanques de animación suspendida. O simplemente largas horas de silencio y despreocupación. Necesito... bueno hay otras cosas que también necesito pero que no vienen al caso y en el fondo es probable que fueran como ese libro, ese juego, o esa película que no termina de ser completa, es probable que no lograra deshacer el nudo.

viernes, 3 de abril de 2015

Tercera Luna de Sangre

Mañana acontecerá la tercera de las cuatro Lunas de Sangre que venimos presenciando desde 2014. Como sabéis se denominan así porque, durante el eclipse lunar que ocurre, la Luna se vuelve de un color rojizo característico.

Por desgracia esta vez no podemos observarlo desde Europa. Además, sólo durará 5 minutos en su máximo esplendor. Esta va a ser una Luna de Sangre fugaz. Ya sólo nos queda la se Septiembre. Os dejo por aquí un vídeo por si queréis profundizar en estos eventos.


jueves, 2 de abril de 2015

Procesiones ¿tradición o excusa?

Hoy os traigo esta pequeña disyuntiva ya que estamos en Semana Santa. Las procesiones son una tradición que hay que mantener y reivindicar o una mera excusa para hacer fiesta y desfasar como si no hubiera un mañana?
Se supone que ésta es una época de recogimiento y recuerdo de la muerte de Jesús, al menos para los cristianos que creen en él y en todo lo que representa. Llamadme antiguo si queréis pero yo opino que, cuando crees en algo tienes, al menos, un respeto mínimo por ello. Eso, bajo mi punto de vista, implica no reírte de las tradiciones ni mucho menos utilizarlas.
Yo no creo en todas estas cosas, de hecho huyo de ellas estos días, principalmente por las aglomeraciones de gente y, en segundo lugar porque las procesiones me resultan terriblemente aburridas. Eso si, no me dedico a faltarles al respeto como creo que hacen todos aquellos que no se plantean ni qué es lo que están viendo o las razones de por qué se realizan estos actos.
Si es así como está evolucionando la Semana Santa deberíamos dejar de celebrarla, al menos como está y, si es lo que la gente quiere, dejar estos días para que desfasen, o lo que quiera. O simplemente de fiesta, pero no entiendo el necesitar una excusa y hacer un uso tan vejatorio de la misma...

miércoles, 1 de abril de 2015

April Fool's day 2015

Ja ja ja, aún me estoy riendo de la broma de Nintendo con su Nintendo Direct el día de los inocentes americano. Espera... ah no, que no era broma, ha sido así de patética la presentación en la realidad. Si así pretenden levantar cabeza después de dos meses sin Nintendo Direct y tras el retraso indefinido de The Legend of Zelda de WiiU van listos... No voy ni a hablar de los futuros lanzamientos (eso si, los amiibos de Yoshi de amigurumi son preciosérrimos *.*).
Y el resto de bromas, esta vez si que han sido bromas, del April Fool's Day, pues bien. Lo cierto es que lo van entendiendo mejor los últimos años, al menos las empresas tecnológicas con Google a la cabeza.
Éstas se curran bromas muy chulas pero que se ve a la legua que son bromas, eso si, muy historiadas. En otros casos presentas pequeños juegos o huevos de pascua como el Pacman por las calles de la ciudad al que hemos podido jugar este año. En fin que si que consiguen sacarte una sonrisa, lo que debería ser el objetivo principal del día.
Por otro lado yo también he tenido mi particular...momento que debería ser "broma" pero que, por desgracia, no lo es ¬¬...