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domingo, 26 de noviembre de 2017

XXVII Jornadas Micológicas Salmantinas


Como todos los años por estas fechas en el paseo dominical y vespertino nos hemos encontrado con las mesas de las Jornadas Micológicas. Ya sabéis ese evento donde los micólogos colocan sus mejores especímenes para disfrute del gran público, lo que nos permite conocer un poco mejor la flora (¿o fauna? Habría que buscar un tercer sustantivo para este tipo de especies) de la región.

lunes, 23 de marzo de 2015

¿Qué es un bioinformático?


Hoy voy a hablaros de un raro especimen del mundo científico, el bioinformático. Como ya sabréis por mis entradas anteriores yo pertenezco a esta especie. Más concretamente llevo ejerciendo de ello casi tres años, con otro más de desarrollo de mi PFC de la Ingeniería Superior de Informática, con lo que me creo suficientemente preparado para contaros un poquito cómo debe ser, a mi juicio, un buen bioinformático.
Pero, en primer lugar ¿qué es un bioinformático? y ¿qué es la bioinformática?
La bioinformática es el estudio de la biología por medio de la computación, además de la creación de herramientas informáticas para el análisis de los datos de experimentos biológicos. Es por ello que el bioinformático es un amalgama entre un biólogo y un informático que es capaz de "hacerle preguntas" de significado biológico a un ordenador, obtener respuestas del mismo y, lo más importante, saber interpretar esas respuestas.
Por tanto ¿es un bioinformático un biólogo que sabe escribir en Word? No, no lo es, pero de eso ya trataremos en otra entrada posterior. Un bioinformático NECESITA saber programar, y no sólo saber, necesita tener muchas horas de práctica a sus espaldas. Tiene que poder comprender algoritmos de otros y fabricar los suyos propios. Poder cambiar el código en poco tiempo porque "todo corre mucha prisa".
Un bioinformático debe ser experto en su tema acotado, sin querer abarcarlo todo porque es imposible, aunque puede tener ligeros conocimientos de todo porque nunca sabe dónde le van a llevar las preguntas. No puede tener miedo a embarcarse en aguas desconocidas porque ocurrirá muy a menudo.
Obviamente debe manejarse con soltura en sistemas de todos los tipos y sabores, preferentemente en linux. Le tocará arreglar problemas básicos de otros ordenadores pero, sobre todo, problemas graves del suyo propio.
Debe manejarse bien con grandes cantidades de información en texto plano o, peor aún, en binario. Y cuando digo grandes cantidades hablo de ficheros de 20-120 GB. Eso son ficheros y no las fotos de las vacaciones. Debe plantearse que las cosas que haga tienen que funcionar con esos tamaños porque en la biología real es con lo que se encontrará.
Tiene que moverse como pez en el agua por las turbulentas mareas de las bases de datos internacionales. El infierno hecho bits. Probablemente no haya tanta carencia de estándares y menos cumplimiento de los mismos en ningún otro lugar en el mundo, pero hay que lidiar con él, no queda otra.
Debe ser una persona paciente ya que esta virtud se le pondrá a prueba muy a menudo. Bien por parte de los compañeros, de las bases de datos o de los algoritmos. Y si hay algo realmente desesperante es buscar datos válidos y encontrar que, lo hecho hasta ahora, no valdría ni para tirarlo a la basura.
Deberá aguantar los ninguneos constantes y las frases de "pero si eso lo hace el ordenador" tirando por tierra el trabajo de uno como si alguno de los que dicen esas frases fueran realmente capaces de saber cómo empezar a entender qué es lo que hace el ordenador, mucho menos "pedírselo"...
Yo soy de los que opinan (y antes no era así) que es mejor que los bioinformáticos sean informáticos de carrera, más que biólogos o biotecnólogos convertidos. Y eso es debido a que el paradigma de pensamiento para programar es muy diferente al tradicional. Es mucho más estructurado, objetivo, planificado. Ese tipo de pensamiento se tarda años en conseguir. Eso no quiere decir que no se pueda conseguir. Todo se puede conseguir. Es, simplemente, que los informáticos que llevan ya años programando, llevan ya años de ventaja, nada más.

Pero, sobre todo, ante todo, debe gustarle lo que hace. Debe gustarle mucho. Debe apasionarle. Porque si no es un trabajo que, de ninguna manera merece la pena. No compensa los odios que genera alrededor por envidias ridículas, basadas en el desconocimiento absoluto de la verdadera valoración que se nos da (que es ninguna). No compensa las desesperaciones cuando algo no funciona. No compensa la cantidad ingente de resultados negativos que se pueden obtener en un solo día. Y es que poder hacer muchas preguntas conlleva recibir muchas respuestas.
Y con esto no quiero desanimar a nadie, es un mundo apasionante y lleno de espacio para todos. Eso si, que todo el mundo tenga claro que requiere de mucho esfuerzo y sacrificio, mucho más de lo que se espera desde el desconocimiento, y que no es hacer cuatro clicks. Ahora, sentirte experto en un campo es una sensación muy, pero que muy gratificante.

martes, 9 de septiembre de 2014

Bramido inesperado del Bibliotecario


Sí, cada día me invento títulos más extraños, pero llevo pensando bastante rato qué poner con las siglas de BiB y poquitas cosas más se me ocurrian, todas ellas aún peores xD. BiB... hace muchos años que me tuve que pegar con una extensión de archivos muy parecidad ".bib" de BibTeX, que utilicé como estándar en mi gestor de referencias bibliográficas para que hoy esas siglas hagan referencia, precisamente, a una referencia bibliográfica, concretamente de la revista Briefings in Bioinformatics, revista que, a día de hoy, tiene el índice de impacto más alto dentro del campo de la bioinformática.
Y es que esta vez no ha habido que esperar once meses. En realidad, ni tan siquiera 11x11 horas, mi tercer artículo ha sido aceptado esta mañana (o ayer por la noche) y, aunque se que lo digo siempre, es una sensación indescriptible... Una parte de mi querría que este hubiera tardado un poquito más, para que la alegría de las publicaciones se enlazara durante más tiempo, pero... ¡Qué demonios! es genial.
Hoy ha sido un día raro, me desperté tarde, cansado, dolorido y tras "sufrir" una de esas noches de intensos sueños en los que no paras de hacer cosas, huir de peligros o, a veces ¿salvar el mundo? Nah, eso último no xD, que son sueños.
Y tras el duro despertar sonó el aviso en el tablet que sólo puede significar que tienes un correo. Al principio pensaba que me estaban tomando el pelo pero cuando leí la maravillosa frase: "I am pleased to inform you that your manuscript has been accepted for publication in Briefings in Bioinformatics." ya no había posibilidad de que fuera coña.
Y si, la alegría y el orgullo me han acompañado gran parte de mi día, aunque haya habido notas discordantes, incoherentes "vacíos", suerte aciaga y otra serie de malos rollos a lo largo de la jornada laboral que han tratado de amargarme el momento.
Pero bueno, al final de este día me quedo con las cosas buenas, me quedo con ese dulce comenzar del día, con esas personas que se alegran sinceramente, con la música, que amansa a las fieras y que tan agradable ha sido para terminar el día y, sobre todo, me quedo con esa nueva gotita de eternidad con la que he sido agraciado.
Como os dije el otro día, en cuanto esté disponible online os lo enlazaré por aquí y os explicaré un poquito de qué va, al fin y al cabo la ciencia está para trasmitirla ¿no? De nada sirve si no se da a conocer.

P.D.
No se por qué la foto de mi nuevo y pequeño amigo ha quedado tan mal (y eso que hice varias), en fín, se conoce que es tímido xD.

viernes, 5 de septiembre de 2014

Unos suricatos Bonitos, Mansos, Curiosos y ¿Genómicos?


Por fin, 11 meses después, mi pequeño erizo tiene compañeros y es que unos cuantos colegas hemos conseguido volver a empujar la frontera del conocimiento un pasito más lejos y a los editores y revisores de BMC Genomics les ha parecido que ha sido así, por lo tanto... ya van dos.
Muy poquitas cosas hay, en el mundo, comparables a recibir un correo con una frase como esta en su interior " we anticipate acceptance of your manuscript for publication", al menos para mi. Y es que aun con todo lo que ha tenido entre medias... ese momento en que te enteras... no se puede describir.
Cuando haya dirección online os volveré a dar la vara con esto y supongo que os resumiré un poquito de que va el artículo.

lunes, 25 de agosto de 2014

Seminarios, Másters, becas y demás


Casi dos meses hace que os prometí noticias y más cosas y vuelvo a faltar a mi palabra. Bueno, no exactamente, es sólo que he vuelto a retrasarlo y retrasarlo y retrasarlo. Pero he tenido motivos, no muy buenos, pero motivos al fin y al cabo.
Eso no importa, vamos al grano. Aquellas semanas tenía tres momentos críticos, todos en un intervalo de unas pocas horas. Todas ellas bastante agobiantes, y acuciantes, para qué negarlo. Coronando la entrada podéis ver el producto final de las tres xD.
En primer lugar, la menos importante en el corto plazo (o en el inmediato) era la petición de la enésima beca para realizar la tesis. Vale, aún no he pedido tantas, de hecho esta era la primera que pedía en serio. Importante porque si me la conceden son tres años que, al menos, tendré cierta estabilidad económica y sabré a qué narices voy a dedicar el grueso de mi tiempo. Para los que no lo sepáis estas becas te piden una enorme cantidad de papeles absurdos, la mayoría de los cuales luego no servirán para nada, suelen tener muchísima competencia (en este caso 16 becas para toda la Universidad) y tienen un plazo de entrega muy ajustado; aunque luego su resolución se puede llegar a demorar hasta un año. Hubo que preparar muchos papeles en muy poco tiempo para los cuales hubo que tomas ciertas decisiones cómo el programa de doctorado en el que iba a preinscribirme (y hacer la preinscripción). Pero salimos con el empeño y ahora sólo es cuestión de esperar la resolución, positiva o negativa.

En segundo lugar, último en plazo de entrega, y con un producto más abultado, el Trabajo de Fin de Máster. Aunque la mayor parte del mismo ya estaba terminado faltaba finalizar la memoria, corregirla y reducirla y repetir, siempre repetir.
Al ir escribiendo los diferentes apartados de la memoria quedaron de manifiesto algunas carencias en los resultados que hubo que subsanar y todas esas cosas que a todos nos han ocurrido al tener que presentar un PFC, TFM, Tesis o cualquier trabajo de este estilo. Pero bueno, el día de la entrega quedó todo preparado, encuadernado, con su CD y listo para que lo viera el tribunal.
Semana y media después tocó defenderlo, después de un ensayo y la preparación de la correspondiente presentación (no necesariamente en ese orden) y justo antes del acto empecé a ver fallos en la memoria. Esa es otra de esas cosas que os habrá pasado más de una vez xD, fallos que, por supuesto, nadie más vio.
El día de la defensa me vinieron bastantes nervios, agravados por el hecho de que defendía el 5º pero al final, en cuanto empecé a soltar "mi rollo" todo fue rodado. Según me dijeron mis espectadores lo hice muy bien (aunque claro, qué te van a decir...). La nota salió poco después y no fue mal para nada (tuve un 9,7), pero aunque hubiera ido mal no me quitaría ni una pizca del orgullo que sentí, y aún siento, por el trabajo y por el Máster, ya que, no me puedo olvidar, que esto no era mi especialidad, ni se acercaba lo más mínimo.

En tercer y último lugar, aunque no por ello menos importante tuve que dar el seminario interno que os anuncié, en el salón de actos del IBFG. Era, probablemente, lo que me tenía sometido a más presión y sobre todo cuando me enteré que lo iban a grabar como prueba para el equipo de grabación. El día anterior estaba hecho un flan y, probablemente, se me notaría bastante en el propio seminario, pero al final todo salió razonablemente bien y parece que a la gente de por aquí le gustó bastante.
Traté de recabar opiniones lo más sinceras posibles y parece que si, que salió bastante bien (aunque mi vocabulario estuviera un poco "sesgado"). Uno de los beneficios de que lo grabaran es que me pude quedar con una copia, aunque me imagino que nunca lo veré ni escucharé ni nada, porque no me gusta ni verme ni oírme. Lo que si he hecho es subirlo a Youtube así que, si alguno es muy masoca o simplemente tiene curiosidad lo voy a poner al final de la entrada. Lamento que sólo se vea la presentación pero es a lo que estaba apuntando la cámara :S (yo tampoco entiendo por qué grabar una pantalla cuando se pueden montar vídeos con la propia presentación y queda mejor) y también lamento que las preguntas no se escuchen bien, pero ya os digo que nada de eso era responsabilidad mía :S.

Fueron buenos días, al final, y los que siguieron inmediatamente también fueron buenos, a su manera así que se puede decir que tuve unos 10 días bastante atípicos, ocupados y de los que alegrarme. Posteriormente las aguas volvieron a su cauce normal, pero eso ya es otra historia.
No quiero terminar esta entrada sin dejar una pequeña nota para todas aquellas personas que estando a mi alrededor (físico y virtual) han hecho este trayecto más llevadero y sin las cuales muchas de las cosas no habrían sido posibles. 
También quiero pagar una deuda que tengo conmigo mismo realizando una mención especial a la musa que me hizo ver olas en un mar de letras. Muchas cosas han ocurrido desde entonces, y muchas han cambiado pero si esas olas nunca hubieran existido probablemente yo no habría hecho (o tenido que hacer) estas tres cosas.

Empieza en el minuto 6:00




P.D.
Sí, en nuestro laboratorio somos muy imaginativos poniendo nombres...

viernes, 28 de junio de 2013

Base composition and nucleosomal organization of the Schizosaccharomyces pombe genome

Base composition and nucleosomal organization of the Schizosaccharomyces pombe genome

Luis Quintales, Ignacio Soriano, Enrique Vázquez, Francisco Antequera*

Instituto de Biología Funcional y Genómica
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)/Universidad de Salamanca
Campus Miguel de Unamuno
37007-Salamanca. Spain

Nucleosomes are the basic units of chromatin. They facilitate the packaging of the eukaryotic genome inside the nucleus and modulate the access of regulatory proteins to DNA either directly or through the epigenetic modification of histones. To study the contribution of nucleosomes to genome regulation in S. pombe, we have generated high-resolution maps that allow precise localisation of individual nucleosomes. Our results show that regular nucleosomal arrays extend upstream from the nucleosome depleted region present at the 5’ end of many genes and downstream from the transcription termination site. Nucleosome positioning is also present along genes that show low or undetectable levels of transcription. Different patterns are obtained depending on whether the genomic position used to generate the aggregated nucleosomal profiles is localized inside the transcribed units or at their 5’ or 3’ end. These results indicate that regular nucleosomal arrays are
widespread along the genome and do not necessarily represent a specific feature of the 5’ end of the genes. We have also found that the nucleosomal profile overlaps with periodic oscillations in the A+T content of the underlying DNA sequence, which suggests a stable association between nucleosomes and some specific regions of DNA. The implications of these observations for the organization and the evolution of the genome will be discussed.


Keywords:
Presented by: Antequera, Francisco
Presentation type: Invited speaker
Session: DNA metabolism, chromatin, gene expression