viernes, 22 de junio de 2018

Aprendiendo a hablarle a las nuevas máquinas


Hoy nos ha tocado clase magistral de manejo y puesta en marcha del HiSeq 4000. Para los que lleváis en el blog un tiempo ya sabéis que las máquinas de secuenciación masiva de DNA son una de mis mayores fascinaciones, que mantengo actualizada mi colección de flowcells, trabajo a menudo con sus datos y que convivo en mi jornada laboral con unas cuantas de estas máquinas.
Por supuesto también me gusta saber cómo se ponen en marcha, es lo que tiene la curiosidad, te lleva a intentar aprender cosas nuevas cada día. Y como digo, hoy ha sido uno de esos días en los que aprender las pequeñas diferencias que tiene nuestro nuevo secuenciador respecto a su hermano, el 2500.
Gracias a una experta (y muy agradable) profesora de Illumina ahora ya podemos empezar a secuenciar genomas completos, que para eso hemos puesto en marcha el 4000. Ahora nos esperan unos cuantos meses de no parar de poner carreras dobles (ya que se pueden utilizar 2 flowcells al mismo tiempo) de forma que podamos llegar a unas cuantas centenas de personas secuenciadas antes de fin de año.
Sin duda una aventura apasionante que añadir a la lista. Próximo secuenciador ¿NovaSeq 6000?

Tradicionalmente veraniego

martes, 12 de junio de 2018

Visita estelar


Esta claro que trabajar en un auténtico centro de excelencia tiene ciertas ventajas y una de ellas es que conoces gente que, de otra forma, sería más bien inaccesible. Hoy, sin ir más lejos, hemos tenido el placer de tener entre nuestras paredes a un auténtico astronauta, y no solo eso, al encargado de restaurar uno de los ministerios más importantes, el de Ciencia, Innovación y Universidades.
Y lo mejor de todo es que sabemos que no será la única vez que se deje caer por aquí (y que es una persona super cercana y agradable). Está claro que es más fácil hacer llegar lo que no funciona en este gremio si la persona encargada de mejorarlo está receptiva y... ¿cerca?


domingo, 27 de mayo de 2018

Chalets y consultas

Creo que por el título ya os podéis hacer una idea del tema que quiero tratar en esta "reflexión trasnochada". Llevo varios días pensando en ello pero no he querido publicar nada hasta que no terminase la consulta para no condicionar el voto de nadie. Ahora que ya han salido los datos de participación (que han vuelto a batir récords) ya no hay problema.

miércoles, 23 de mayo de 2018

Numismática centenaria


¿Cuál es el problema de vivir en la misma ciudad que la Real Casa de la Moneda? Pues que se corre el riesgo de volver a antiguas tradiciones. Bueno, en realidad una moneda como la del 8º centenario de la Universidad de Salamanca me habría interesado de todas las maneras.
Caerán más, eso está claro, y es que están muy accesibles. Pero siempre fui muy raro ¿no?

martes, 8 de mayo de 2018

Kandinski - Carlos Sadness



El lunar que había en tu nariz,
ha desaparecido 
El día que estuviste más cerca de mí,
se marchó conmigo 
Tú tardabas tanto en decidir,
que me quedé dormido 
Esperando el beso de Klimt,
te dije al oído:

"Eres la persona elegida entre un millón, para explorar 
El mundo que hay dentro de mí"

Será surrealista y mágico 
Vivir en este amor abstracto 
Kandinski, Pollock y Picasso 
Viviendo nuestro amor abstracto

Me has costado mucho de encontrar 
Estabas escondida 
Siempre fuiste efímera y fugaz 
Como una despedida,
Pero algo me empujo hacía el interior 
De tus pupilas 
Tiemblan las estrellas de Van Gogh 
Cuando tú las miras

Eres la persona elegida entre un millón, para escapar 
Como hizo el lunar de tu nariz
Será surrealista y mágico 
Vivir en este amor abstracto 
Kandinski, Pollock y Picasso 
Viviendo nuestro amor abstracto

Será surrealista 
Vivir en este amor abstracto
Kandinski, Rothko, Francis Bacon 
Sixteen Jackies de Andy Warhol 
Hockney pintará en sus cuadros 
Piscinas para bañarnos

Será surrealista y mágico 
Vivir en este amor abstracto



viernes, 4 de mayo de 2018

Vacaciones no tan de asueto


Se terminan estas "improvisadas" vacaciones de mayo. Unos días a los que un castellano-leonés no está tan acostumbrado ya que se juntan días propios de la comunidad de Madrid pero que, con una buena planificación, cunden tanto como la semana santa. Vamos que en un alarde de evitar viajes de ida y vuelta en el tren he optado por aprovechar la semana entera.
Eso si, el hecho de que uno vuelva a recuperar la curiosidad perdida hace un tiempo, el interés por hacer las cosas bien y por aprender nuevas técnicas lleva a que los días de vacaciones no se traduzcan en eso que mucha gente parece preferir. En mi caso no he podido por menos que mantener activa la cabeza con algunos cursos que me permitan profundizar en las técnicas de reducción de dimensionalidad, extracción de vectores propios, identificar grupos a priori dispersos, etc...
Y es que yo no aplico cosas simplemente porque lo sugiera una web de internet. He de comprender las motivaciones, beneficios y problemas que puede acarrear el uso de una técnica u otra. Sinceramente creo que no vale con ejecutar una serie de instrucciones sin mayor planteamiento que si cumplen las reglas sintácticas del lenguaje. La semántica también importa y más cuando lo que se pretende es extraer información de un conjunto de datos.
Es posible que, al final del proceso, se terminen ejecutando las mismas instrucciones y en el mismo orden. Que en el conjunto de datos objeto de análisis el mejor proceso sea ese que describen los tutoriales. Y que, de haberlo aplicado sin entender lo que se hace, el resultado final sea prácticamente el mismo. Pero entonces ¿qué nos diferenciaría de las máquinas?
Y más importante aún ¿cómo podríamos estar seguros de que es el proceso correcto? ¿Cómo podríamos explicar qué se está haciendo? Y no, no vale con soltar una ristra de nombres de algoritmos seguidos de un "como todo el mundo". Si cambian los datos de partida ¿cómo nos ajustamos a ellos? Y, sobre todo, ¿cómo seríamos capaces de mejorar el proceso?
Sí, entiendo que para mucha gente es suficiente con terminar con un mapa de colorines que poder enseñar, pero en eso no consiste la ciencia, y mucho menos la ciencia de los datos. Al final, si aceptamos como verdades universales, y sin planeamiento crítico, los procesos preestablecidos ¿cómo generaremos nuevo conocimiento? No en vano esa búsqueda por entender los procesos es lo que diferencia a los científicos del resto de las personas. No sólo querer responder una pregunta concreta, no, también entender cómo haces esa pregunta, qué respuestas estás obteniendo, si realmente son apropiadas para la conclusión a la que se llega. No es tan sencillo.
Por tanto no, para mi las vacaciones no son para "tirarse en el sofá y no hacer nada". Sinceramente, tampoco podría hacer simplemente eso. Aprovecho para incrementar mi "navaja suiza" de utilizades para un mejor análisis, para unas conclusiones que aporten más información y de las que pueda estar más seguro si cabe.
¿Soy idiota por no "vaguear"? ¿por no aprovechar, con los ojos vendados y la nariz tapada lo que se hace "por defecto"? ¿por poder explicar los pasos que voy dando en cada análisis? Probablemente para el mundo en el que estamos, sumido en la ley del mínimo esfuerzo y de "cualquier chapuza con colorinchis es válida", sí. Pero yo no sigo las enseñanzas de La Chapuza Total de Shery Bobbins en Los Simpsons.


Además, dudo mucho que la mayoría de las grandes mentes, de los gigantes, que nos han traído hasta aquí se conformasen con hacer lo que estaba establecido, sin preguntarse el porqué. Y con ello no me quiero comparar, ni mucho menos, con esas personalidades. Simplemente se que si, en algún momento quiero acercarme mínimamente a lo que consiguieron tengo que actuar como lo habrían hecho, no con el "todo vale".