lunes, 1 de octubre de 2018

Genome Analyzer IIx, historia reciente de la secuenciación


Hoy hemos despedido en la Unidad de Genómica al viejito Genome Analyzer IIx (o GAIIx para abreviar). Naturalmente yo no lo he visto funcionando ya que la jubilación le llegó hace ya unos cuantos años con la llegada del HiSeq 2500, pero si que he analizado sus salidas en alguna ocasión, y no pocas.
Así que no ha dejado de darme penilla despedir a esta "vieja" reliquia. En este negocio, en el que aún se está en una curva ascendente de creación sin freno, los aparatos quedan obsoletos casi al comprarlos y dan paso a nuevas máquinas, más potentes, más versátiles, con salidas de más calidad, o simplemente más especializadas.
Carreras de, con suerte, 20-30 millones de lecturas, que había que "alimentar" durante la propia carrera. Con un prisma impoluto, aceite de inmersión para fotografiar la flowcell. Todo mucho más manual, pero también, en cierto sentido, bonito. Ahora en cualquier hospital, con un presupuesto mínimo superan el throughput de esta máquina, pero no habrían existido sin ella.
En fin, el GA toma su merecido descanso mientras el HiSeq4000 y el 2500 no dejan de arrojar lecturas, es ley de vida, o más bien, de secuenciación.

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