lunes, 23 de marzo de 2015

¿Qué es un bioinformático?


Hoy voy a hablaros de un raro especimen del mundo científico, el bioinformático. Como ya sabréis por mis entradas anteriores yo pertenezco a esta especie. Más concretamente llevo ejerciendo de ello casi tres años, con otro más de desarrollo de mi PFC de la Ingeniería Superior de Informática, con lo que me creo suficientemente preparado para contaros un poquito cómo debe ser, a mi juicio, un buen bioinformático.
Pero, en primer lugar ¿qué es un bioinformático? y ¿qué es la bioinformática?
La bioinformática es el estudio de la biología por medio de la computación, además de la creación de herramientas informáticas para el análisis de los datos de experimentos biológicos. Es por ello que el bioinformático es un amalgama entre un biólogo y un informático que es capaz de "hacerle preguntas" de significado biológico a un ordenador, obtener respuestas del mismo y, lo más importante, saber interpretar esas respuestas.
Por tanto ¿es un bioinformático un biólogo que sabe escribir en Word? No, no lo es, pero de eso ya trataremos en otra entrada posterior. Un bioinformático NECESITA saber programar, y no sólo saber, necesita tener muchas horas de práctica a sus espaldas. Tiene que poder comprender algoritmos de otros y fabricar los suyos propios. Poder cambiar el código en poco tiempo porque "todo corre mucha prisa".
Un bioinformático debe ser experto en su tema acotado, sin querer abarcarlo todo porque es imposible, aunque puede tener ligeros conocimientos de todo porque nunca sabe dónde le van a llevar las preguntas. No puede tener miedo a embarcarse en aguas desconocidas porque ocurrirá muy a menudo.
Obviamente debe manejarse con soltura en sistemas de todos los tipos y sabores, preferentemente en linux. Le tocará arreglar problemas básicos de otros ordenadores pero, sobre todo, problemas graves del suyo propio.
Debe manejarse bien con grandes cantidades de información en texto plano o, peor aún, en binario. Y cuando digo grandes cantidades hablo de ficheros de 20-120 GB. Eso son ficheros y no las fotos de las vacaciones. Debe plantearse que las cosas que haga tienen que funcionar con esos tamaños porque en la biología real es con lo que se encontrará.
Tiene que moverse como pez en el agua por las turbulentas mareas de las bases de datos internacionales. El infierno hecho bits. Probablemente no haya tanta carencia de estándares y menos cumplimiento de los mismos en ningún otro lugar en el mundo, pero hay que lidiar con él, no queda otra.
Debe ser una persona paciente ya que esta virtud se le pondrá a prueba muy a menudo. Bien por parte de los compañeros, de las bases de datos o de los algoritmos. Y si hay algo realmente desesperante es buscar datos válidos y encontrar que, lo hecho hasta ahora, no valdría ni para tirarlo a la basura.
Deberá aguantar los ninguneos constantes y las frases de "pero si eso lo hace el ordenador" tirando por tierra el trabajo de uno como si alguno de los que dicen esas frases fueran realmente capaces de saber cómo empezar a entender qué es lo que hace el ordenador, mucho menos "pedírselo"...
Yo soy de los que opinan (y antes no era así) que es mejor que los bioinformáticos sean informáticos de carrera, más que biólogos o biotecnólogos convertidos. Y eso es debido a que el paradigma de pensamiento para programar es muy diferente al tradicional. Es mucho más estructurado, objetivo, planificado. Ese tipo de pensamiento se tarda años en conseguir. Eso no quiere decir que no se pueda conseguir. Todo se puede conseguir. Es, simplemente, que los informáticos que llevan ya años programando, llevan ya años de ventaja, nada más.

Pero, sobre todo, ante todo, debe gustarle lo que hace. Debe gustarle mucho. Debe apasionarle. Porque si no es un trabajo que, de ninguna manera merece la pena. No compensa los odios que genera alrededor por envidias ridículas, basadas en el desconocimiento absoluto de la verdadera valoración que se nos da (que es ninguna). No compensa las desesperaciones cuando algo no funciona. No compensa la cantidad ingente de resultados negativos que se pueden obtener en un solo día. Y es que poder hacer muchas preguntas conlleva recibir muchas respuestas.
Y con esto no quiero desanimar a nadie, es un mundo apasionante y lleno de espacio para todos. Eso si, que todo el mundo tenga claro que requiere de mucho esfuerzo y sacrificio, mucho más de lo que se espera desde el desconocimiento, y que no es hacer cuatro clicks. Ahora, sentirte experto en un campo es una sensación muy, pero que muy gratificante.

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